有機(jī)物好氧生物降解的途徑，大分子有機(jī)物首先在微物生的各類胞外酶的作用下分解為小分子有機(jī)物。這些小分子有機(jī)物被好氧微生物繼續(xù)氧化分解，通過(guò)不同途徑進(jìn)人三羧酸循環(huán)，最終被分解為二氧化碳、水、硝酸鹽和硫酸鹽等簡(jiǎn)單的無(wú)機(jī)物。

難降解有機(jī)物的降解歷程相對(duì)要復(fù)雜得多。一般而言，難降解有機(jī)物結(jié)構(gòu)穩(wěn)定或?qū)ξ⑸锘顒?dòng)有抑制作用，適生的微生物種類很少。不同類型難降解有機(jī)物的降解歷程也不盡機(jī)同，已有一些相關(guān)的研究成果。許多難降解有機(jī)物的降解與質(zhì)粒有關(guān)。質(zhì)粒是菌體內(nèi)的環(huán)狀 DNA編碼物降解過(guò)程中的一些關(guān)鍵酶類，抗藥性質(zhì)粒能使宿主細(xì)胞抗多種維生素和有毒化學(xué)品。